Cơ quan

• Phòng Chính trị
• Phòng Quân lực
• Phòng Tác chiến
• Phòng Thông tin
• Phòng Cơ yếu
• Phòng Bản đồ
• Phòng Radar
• Phòng Phòng không
• Phòng Công binh
• Phòng Đặc công
• Phòng Hóa học
• Phòng Pháo binh tên lửa
• Phòng Binh chủng
• Phòng Tàu ngầm[5]
• Phòng Cứu hộ cứu nạn
• Phòng Tác chiến Điện tử
• Phòng Bảo đảm hàng hải[6]
• Phòng Quân huấn
• Phòng Nhà trường
• Phòng Quân sự địa phương[7]
• Phòng Tiêu chuẩn - Đo lường - Chất lượng
• Phòng Hành chính
• Ban Công nghệ Thông tin
• Ban Kế hoạch - Tổng hợp
• Ban Tài chính

Cơ sở

• Lữ đoàn thông tin 602[8]
• Tiểu đoàn hóa học 20[9]
• Đoàn Đo đạc, Biên vẽ Hải đồ và Nghiên cứu biển[10]
• Trung tâm 47 (trinh sát thông tin)[11]
• Trung tâm Xử lý tin, radar
• Trung tâm Quan trắc môi trường biển
• Trung tâm huấn luyện